Si bien la relación que tienen entre ellos es bastante escasa, los tres pertenecen al tipo dragón y son complementarios, no podría existir uno sin el otro; Gobiernan el tiempo, el espacio y el mundo inverso, respectivamente.
Dialga es el Pokémon que controla el tiempo y asegura su continuidad. Siempre que Celebi viaja por el tiempo, lo hace supervisado por Dialga. Dialga a su vez puede viajar libremente por el tiempo, al pasado y al futuro. Si Dialga y Palkia se encuentran en la Grieta del Espacio-Tiempo y usan sus poderes, se desatará un enorme cataclismo entre sus dimensiones que desencadenaría la destrucción del universo. Con el diamante que tiene en el pecho dispara su potente ataque Distorsión, ataque que puede alterar el tiempo. Pocos Pokémon resisten este potente ataque, y si lo hacen, no se quedarán en buen estado. Puede parar el tiempo para poder atacar de una forma masiva. Dialga, según la Pokédex de Sinnoh, es una antigua deidad, por lo cual es uno de los primeros Pokémon en ser creados por Arceus.
Palkia tiene el poder de controlar el espacio a su merced y puede teletransportarse a través de este. Su ataque característico es Corte Vacío, el cual le permite desgarrar el espacio. Palkia es el eterno rival de Dialga y de Giratina. Ellos tienen el control sobre el espacio, el tiempo, y la antimateria respectivamente. Los tres habitan en sus respectivas dimensiones, pero muchas veces colisionan en peleas que distorsionan todo el entorno. Palkia suele entrar en conflicto muchas veces con Dialga, ya que es su principal antagonista. Si Dialga y Palkia se enfrentan en el límite de sus dimensiones, es decir, en la grieta del espacio-tiempo y usan sus poderes, se desatará un enorme cataclismo que distorsionará el espacio y el tiempo lo que provocará la destrucción del universo.
Las viejas leyendas dicen que Giratina vive en un universo paralelo, en unas ruinas o cementerio en lo profundo de la Cueva Retorno, un lugar donde se dice que el límite entre las dimensiones está distorsionado. Su verdadero hogar es el Mundo Distorsión, es más, es el único Pokémon que vive allí, también es el amo y guardián del Mundo Distorsión. Al pasar al mundo Pokémon su fisiología cambia dandole patas y alas por ser un cambio de gravedad al que es sometido. Giratina es capaz de viajar a través de las dimensiones y controlarlas, además de que, al ir del Mundo Distorsión a otro como el Mundo Pokémon crea, al emitir un torbellino de su boca, un portal. Además controla la antimateria. En su Forma Origen, se adapta a la inestable gravedad y tiempo de su mundo, mientras que en el Mundo Pokémon cambia a su Forma Modificada debido a la gravedad y tiempo estable.
El trío del lago está compuesto por los Pokémon Legendarios Uxie, Mesprit y Azelf. Reciben este nombre porque los tres Pokémon son encontrados originalmente descansando en cuevas rodeadas por un lago.
Uxie es muy tímido e inteligente, sabe en quién confiar. Cuando te considera amigo te aporta sabiduría pero también te puede borrar la memoria si lo miras a los ojos. Se dice que fue quien dio la sabiduría a los humanos cuando fueron creados. Sus ojos cerrados significan que está pensando, nunca los abre. Y si llegara a abrirlos todo aquel que los mire se le quitará la memoria a menos que vuelva a ver los ojos de Uxie. Posee una gran capacidad mental. Cuando Cresselia creó a Uxie le dio la tarea de educar a todos los Pokémon con gran inteligencia. Vive en la caverna agudeza donde medita en paz.
Mesprit iene un carácter juguetón, amable y muy activo y energético. No duda en proteger a sus hermanos y es muy fiero luchando. Es el Pokémon de las emociones, enseña a los humanos nobleza de pensar, sufrir y disfrutar. Se dice que fue quien dio a los humanos las emociones en el momento en que fueron creados. Se dice que Mesprit vive en el fondo de algún lago subterráneo, lejos de la humanidad, pero atento a ayudar a cualquier ser con emociones. Se alimenta de las emociones y sentimientos, la alegría es el sabor dulce, el enojo el amargo, la tristeza lo salado y el amor lo ácido.
Azelf tiene un carácter juguetón y amable, pero es muy tímido. Es el ser de la voluntad. Duerme en una dimensión alterna en el fondo del lago para mantener el mundo en balance. Se dice que fue quien dio el valor de la voluntad a los humanos cuando fueron creados. Dicen que si la voluntad de las personas desaparece Azelf aparecerá para devolvérsela. Azelf también puede controlar la voluntad de las personas y de los Pokémon; pudiéndolo hacer a distancia o metiéndose en sus cuerpos.
Regigigas es considerado el líder de los otros tres regis (Regice, Regirock y Registeel). Se dice que puede arrastrar los continentes con su increíble fuerza. Se han encontrado manuscritos de miles de años de antigüedad que afirmaban que este Pokémon arrastraba continentes con cuerdas, y que al formar la Tierra tal y como la conocemos ahora cayó en un profundo sueño. Debido a esto se le ha considerado como el Pokémon más fuerte del mundo. Es tan fuerte que puede soportar el peso de un glaciar, aunque no es muy rápido. En sus pies y cabeza tiene moho. Los objetos redondos que tiene en su pecho son los elementos de los regis: Hielo, roca y acero.
Cuando Groudon creó la tierra, en el centro del planeta se guardaba materia a muy altas temperaturas. Se dice que esa materia dio origen a Heatran. Vive en lo más profundo de los volcanes y puede hacer que entren en erupción mientras que Entei puede controlar los desastres producidos por Heatran. Se dice que Heatran tiene el poder de convertirse en magma ardiente para pasar inadvertido durante una erupción. Su cuerpo es de acero puro, aunque en algunos puntos este se ha derretido por el calor corporal.
Se dice que Cresselia es hembra, aunque no puede criar. Es de carácter cariñoso y bondadoso. Sus plumas lunares le sirven para aumentar su poder y se dice que es la representante viviente de la luna en la tierra. Cresselia puede curar a los humanos y Pokémon que caen enfermos por las pesadillas causadas por su contraparte, Darkrai. Aunque a veces las cambia por sueños maravillosos. No solo puede curar pesadillas también puede curar problemas mentales como: corazón roto, traumas de la infancia, etc. Infunde seguridad en los seres que tienen contacto con ella. Es un Pokémon tímido que suele estar alejada de todos los seres vivos y por eso en cuanto entra en contacto con los humanos ésta huye. Se dice que en las noches de media luna, la aurora de su cola se extiende y ondea más hermosa que nunca. Se dice que tiene un altar en algun lugar de una pequeña isla al oeste de Sinnoh, de donde la invocaban los humanos cuando tenían problemas con las pesadillas de Darkrai.
Es la cría de Manaphy aunque no puede evolucionar a este de ninguna manera. Phione puede expandir o encoger su cabeza a voluntad aparte de que es muy amistoso. Se alimenta del plancton. Se le conoce como el hada del mar, ayuda a los peces perdidos y a cardúmenes desorganizados.
Manaphy es un Pokémon que nació en el mar. Tiene la apariencia de una pequeña hada. Normalmente nada hacia las profundidades del mar donde nació. Aparece muy raras veces en mares de aguas tibias y se dice que cura a los Pokémon de agua con sus místicos poderes. Es muy dulce. Es un Pokémon muy raro. Se dice que es el príncipe del mar y su palacio está escondido en el océano que encuentra siguiendo sus instintos. Este palacio solo es visible a la vista humana en los eclipses lunares. Cada vez que un Manaphy muere, nace otro príncipe (es decir, nace otro Manaphy). Nace con un maravilloso poder que le permite establecer vínculos con cualquier tipo de Pokémon.
Shaymin es muy tímido ya que se oculta entre la hierba para no ser descubierto. Cuando cambia a su forma cielo, este ya se vuelve menos tímido y más valiente y protector. Vive en el Paraíso Floral, un campo de flores virgen. Para pasar inadvertido de intrusos o atacantes, se camufla enrollándose en una pelota que se confunde con las flores de su alrededor. Shaymin tiene el poder de fertilizar la tierra con el aire y convertir el más árido páramo en un vergel de flores al instante como prueba de que es un Pokémon legendario y un ser bondadoso. En este paraíso se encuentran las famosas gracídeas que ayudan a que Shaymin pueda cambiar a su forma cielo.
Darkrai es el Pokémon de la oscuridad y del terror. Si este Pokémon aparece una noche de luna nueva, puede provocar pesadillas sin fin a su antojo y de las que nadie puede escapar hasta que Cresselia lo despierte, o hasta que se le entregue una Pluma Lunar. Otra forma de despertarse de la pesadilla es derrotando a Darkrai en el sueño, cosa que es bastante difícil por no decir imposible, ya que él controla el sueño. Darkrai es el Guardián de la Oscuridad, y su función es vigilar que la fuerza de la Oscuridad no se desequilibre con la de la Luz (que equilibra Cresselia, su rival). Vive aislado del mundo, probablemente debido a su mala reputación, y aparecerá cuando el Tiempo y el Espacio estén en conflicto. Por su personalidad siniestra se podría decir que se trata de un Pokémon malvado, ya que provoca terribles pesadillas tanto a Pokémon como a los humanos, pero lo cierto es, que si el mundo está en peligro, Darkrai luchará para protegerlo.
Arceus es considerado como el Pokémon de la Creación, el cual creó su mundo Pokémon. Cuenta una leyenda que un huevo habitó en la nada y al eclosionar este, nació Arceus, considerado el Pokémon creador o Pokémon Alfa; con sus 1.000 brazos dio forma al mundo y creó al resto de los Pokémon. Es del tipo normal, pero si se le equipa alguna de las tablas elementales, puede cambiar a otro de los 18 tipos de Pokémon.