La mitología de la región de Hoenn presenta a Groudon con el Pokémon que hizo emerger los continentes, mientras que Kyogre se encargó de ampliar los mares. Dado a que ambos Pokémon vivían en eterno conflicto por sus objetivos contrapuestos, fue Rayquaza quien logró controlarlos y enviarlos a dormir por la eternidad.
En la mitología, se conoce a Kyogre como el Pokémon qué extendió la superficie de los mares haciendo que diluviara y creando maremotos. Ha salvado de la sequía a mucha gente. Es el Pokémon insignia del Equipo Aqua y el mayor enemigo de Groudon, el cual creó los continentes. Tras un combate contra este, que acabó en cataclismo, se echó a dormir. Kyogre tiene forma de pez de proporciones colosales. Aunque también tiene rasgos de orca, ya que el nombre japonés de Kyogre viene de océano y de orca, algo así como la gran orca del océano. Kyogre comparte con Groudon un rasgo fisiológico, que son las marcas en color rojo de su cuerpo, marcas que Groudon tiene en color negro, estas marcas parecen tener una relación con los Pokémon que dominan el agua, la tierra y el cielo: Kyogre, Groudon y Rayquaza.
Groudon es un Pokémon legendario que esparció los continentes y es el enemigo mortal de Kyogre. Se dice que tiene tal poder, que con un golpe podría destruir un continente entero. Tiene el poder de disipar las nubes que amenazan con lluvia y de hacer que el agua se evapore con luz y calor. Es el héroe de quienes sufren terribles inundaciones.
Rayquaza vivió durante un larguísimo periodo de tiempo en la capa de ozono; pero eso cambió cuando se produjo el cataclismo de la lucha entre Groudon y Kyogre, Groudon con el poder que ejercía sobre el cielo de que hubiera mucho sol, y Kyogre con el poder que ejercía sobre el cielo que hiciera que lloviera, pero Rayquaza era el que mantenía el equilibrio del cielo, hizo que sus poderes de lluvia y sol fueran nulos, y usando su poder notablemente más alto que el de Kyogre y Groudon, luchó contra ellos haciendo que se durmieran y arreglando el desastre que causaron.
La palabra "regi" se usa coloquialmente para referirse a uno o más de los siguientes Pokémon, ya que sus nombres siguen la misma estructura (comparten el prefijo Regi- y terminan con el nombre de su tipo en inglés o con otra cualidad)
Poca gente a visto a Regirock, no se alimenta y no bebe, hay hallazgos de que se encuentra en las Ruinas, puede ejecutar ataques de muchos tipos, como ataques eléctricos. Regirock está hecho de rocas, y tiene en la cara un signo del alfabeto braille. Algo curioso de Regirock es que sus rocas vienen de muchos lugares distintos. La razón es que si resulta herido en combate, busca rocas y se recompone, por lo tanto, es indestructible. Regirock parece no tener órganos internos.
Este Pokémon esta hecho de hielo inderretible formado en la era de hielo. Sus marcas en su cabeza parecen ser sus ojos, cuando esta dormido se le apagan. Todo lo que rodea a este Pokémon se congela al instante. Al parecer el hielo que lo forma es el mismo del polo sur, y ronda los -200 ºC. Posee unos pinchos de hielo en la espalda. Se descubrió en un glacial transparente.
El duro cuerpo de este Pokémon no puede ser dañado, el cuerpo de Registeel esta hecho de metal fuerte que le permite resistir ataques, y que bien podría no provenir de este planeta; los puntos de Registeel se desplazan en batalla para buscar a su oponente este Pokémon a pesar de ser muy pesado se desplaza rápidamente y lanza sus ataques de una manera verdaderamente sorprendente. Su cuerpo es hueco. El resultado de estar bajo tierra tantos siglos han generado que el metal de su cuerpo no pueda ser arañado, ademas de que su cuerpo es de un material duro este es muy flexible permitiendole mayor rapidez.
Se denomina Pokémon Eón al dúo legendario compuesto por Latios y Latias.
Latios tiene la habilidad de que su rival vea algo que él ha visto o imaginado. Latios sólo le abre el corazón a entrenadores compasivos y a la hora de volar pliega las patas delanteras para minimizar la resistencia al aire y gana en velocidad a un avión a reacción.
Se caracteriza por ser un Pokémon amistoso con las personas que conoce, sin embargo cuando hay peligro no duda ni en un momento en atacar al responsable de dicho peligro.
Es un Pokémon impresionante; al igual que Latias se puede hacer invisible, y tiene la habilidad de "visión compartida" que le permite ver lo que Latias ve.
Latias es la hermana menor de Latios. Es de carácter amistoso y un poco tímida. Cuando se siente amenazada usa sus plumas para reflejar la luz y cegar al enemigo, con el fin de huir. Tiene la capacidad de entender el idioma humano y adoptar la forma humana. Otra de sus habilidades es la de "visión compartida", que le permite ver lo que Latios ve.
Este Pokémon esta despierto una semana cada milenio a menos que le cante una persona inocente con una bellísima voz, es de carácter amigable y un poco tímido ante las personas, es capaz de pelear dormido y cumplir deseos, para que cumpla tu deseo debes escribirlo en una nota y pegársela en la cabeza para que lo lea cuando despierte.
Deoxys es un Pokémon que emergió de un virus que vino del espacio. Fueron 2 Deoxys que surgieron del espacio del cual solo uno nació. Deoxys fue atacado por Rayquaza que de un hiperayo lo destruyó. Despúes de 4 años Deoxys se regeneró y fue en busca de su amigo. El segundo Deoxys se creó por el lanzamiento de un rayo láser de un laboratorio al virus espacial. El virus mutó y así nació Deoxys.
La esfera en el cuerpo de este es en realidad su cerebro, de donde lanza descargas eléctricas. Al parecer puede regenerarse completamente si su cerebro sobrevive.
Es un Pokémon muy agresivo. Si te ve pensará que eres un intruso y te atacará sin duda alguna. Vive en una isla desolada.
Tiene como particularidad el poseer 4 formas distintas (ataque, defensa, velocidad y normal) que cambian su aspecto, características y ataques que aprende por nivel, los cuales también varían según su forma.